La première assemblée générale extraordinaire de la FECAFOOT se tient le 11.01.1959 à Yaoundé. La Ligue de football du Cameroun est dissoute c'est la naissance de la Fédération Camerounaise de Football qui est placé sous le contrôle direct du Vice-Premier Ministre chargé de l'Education Nationale. Le premier Président de la FECAFOOT EST M. NGANKOU Amos (1958-1960).

En 1961 a lieu l'élection d'un nouveau Président, M. Ibrahim MBOMBO NJOYA qui restera en place jusqu'en 1964. De 1964 à 1968, le football camerounais verra le club de l'ORYX de Douala remporter la Coupe d'Afrique des Clubs Champion (en 1965). Le championnat de 1ère division se joue avec 12 à 16 équipes. 

En 1968 est élu à la tête de la FECAFOOT M.René ESSOMBA. L'Equipe Nationale participe à la phase finale de la CAN de 1970 à Khartoum (Soudan). Le Cameroun obtient l'organisation de la CAN 1972. Les chantiers de 2 stades seront alors mis en place (Douala et Yaoundé). 

Après 1972, M. Jean Zoa AMOUGOU sera nommé Président jusqu'en 1978 puis remplacé par M. TITTI de 1978 à 1985. C'est durant cette période que l'équipe nationale participera pour la première fois à une phase finale de la Coupe du Monde en 1982 en Espagne et gagnera son premier trophée en Coupe d'Afrique des Nations en 1984 en Côte-d'Ivoire. 

Le Président suivant est M. Peter NTAMACK YANA (1985-1986) et surtout M. Issa HAYATOU de 1986 à 1988 actuel Président de la Confédération Africaine de Football (CAF). Ensuite les nominations de M. Jean NJi NJIKAM par intérim(1988-1989), Albert ETOTOKE (1989-1990), Njikam Simon, Pascal OWONA ( 1990-1993) et Maha DAHER (1993-1996) à la Présidence de la FECAFOOT seront ponctuées par les qualifications de l'équipe nationale aux phases finale de la Coupe du Monde de 1990 en Italie et 1994 aux Etats-Unis. 

L'élection de 1996 à l'issue de l'assemblée Générale Extraordinaire verra la victoire de M. Vincent ONANA. A la veille de la phase finale de la Coupe du Monde en France en 1998 pour laquelle l'Equipe Nationale du Cameroun s'est qualifiée, ce dernier sera accusé de fraude puis démis de ses fonctions. La Cellule Exécutive Provisoire (CEP) présidée par M. IYA Mohammed sera mise en place par la FIFA jusqu'au 11 Avril 2000 date à laquelle une assemblée générale extraordinaire donnera la victoire et la Présidence de la FECAFOOT à M. Mohammed IYA qui a été réélu le 15 février 2005 pour un autre mandat de quatre ans.